Obecnieastaksantyna(znana również jako super witamina E) jest wytwarzana przez źródła syntetyczne lub biologiczne.
Istnieją trzy główne źródła naturalnej astaksantyny: marnotrawstwo przemysłu przetwórstwa produktów wodnych (skorupiaki, takie jak krewetki i kraby), Phaffia Rhodozyma i mikroalgi (erythrococcus rauscens). Wydobycie odpadów z owoców morza, czyli z odpadów przemysłu przetwórstwa produktów wodnych, wszelkiego rodzaju wydobycie odpadów z przetwórstwa owoców morza. Kolonia Phaffia Rhodozyma była czerwona z powodu produkcji astaksantyny i innych karotenoidów, które były równomiernie rozmieszczone w lipidach komórek. Średnia zawartość astaksantyny w naturalnych drożdżach wynosi 0,40%. Dlatego wysoka wydajność astaksantyny w drożdżach przyciągnęła wiele uwagi. Ekstrakt z alg, naturalna astaksantyna pochodzi głównie z deszczu haematococcus. Zawartość astaksantyny w erytrochlorelli rauscens wynosi 1,5% ~ 3,0%, co jest uważane za "koncentrat" naturalnej astaksantyny. Duża liczba badań wykazała, że surowa czerwień deszczowa znalazła wskaźnik akumulacji zielonych pierwiastków krewetkowych i dużą objętość produkcji niż inne glony, a surowa czerwień deszczowa znalazła stosunek astaksantyny i jej estrów (około 70% pojedynczego estru, 25% podwójnego estru) i 5% stosunku monomerów, a zwierzęta wodne są bardzo podobne, odbywa się to poprzez syntezę chemiczną i stosowanie rudych włosów, ekstrakt drożdżowy astaksantyna nie miał przewagi. Ponadto struktura astaksantyny w haematococcus eurainiae była głównie typu 3S-3s, co było zasadniczo zgodne ze strukturą astaksantyny w organizmach wodnych, takich jak łosoś. Struktura astaksantyny wynosiła 3R - 3R. Obecnie erythrochlorella hydatiococcus jest uznawana za najlepszy organizm do produkcji naturalnej astaksantyny w przyrodzie. Dlatego wykorzystanie tych mikroalg do ekstrakcji astaksantyny niewątpliwie ma szerokie perspektywy rozwoju i stało się przedmiotem międzynarodowych badań nad produkcją naturalnej astaksantyny.
Syntetyczna astaksantyna jest nie tylko droga, ale także znacznie różni się od naturalnej astaksantyny pod względem struktury, funkcji fizjologicznej, efektu aplikacji i bezpieczeństwa. Syntetyczna astaksantyna może być chemicznie pozyskiwana z karotenu. Jest to najważniejsze źródło astaksantyny w paszy dla ryb, a globalna syntetyczna zdolność produkcyjna to BASF, DSM, nowe i gontowe firmy. Pod względem struktury naturalna astaksantyna to głównie konformacja 3S, 3 (leworęczna), podczas gdy syntetyczna astaksantyna jest mieszaniną trzech konfiguracji, a 3R, 3 (racemiczna) jest główną konfiguracją. Ponadto syntetycznej astaksantyny nie można przekształcić w jej naturalną konfigurację u zwierząt. Pod względem funkcji fizjologicznych stabilność i aktywność przeciwutleniająca naturalnej astaksantyny były znacznie wyższe niż sztucznej astaksantyny. W efekcie aplikacji biologiczne wchłanianie i barwienie naturalnej astaksantyny są lepsze niż sztucznej astaksantyny.